Trước đó, khi nhận kết luận điều tra bổ sung lần 2, Viện Kiểm sát Nhân dân TP. HCM đã tiếp tục trả hồ sơ, đề nghị Cơ quan An ninh điều tra bổ sung thêm 3 vấn đề liên quan đến giám định chủ sở hữu một số tài khoản ngân hàng, quy trình chuyển tiền và các hồ sơ vay ngân hàng, hồ sơ hợp tác đầu tư của 4 doanh nghiệp.
Theo hồ sơ vụ án, ngày 19/8/2016, ông Diệp Dũng không thông qua Hội đồng Quản trị, đã tự ý lấy 1.000 tỷ đồng (từ 3.000 tỷ đồng huy động vốn đặt cọc cho thương vụ mua lại chuỗi Big C Việt Nam) để ký hợp đồng hợp tác đầu tư, chuyển cho 2 công ty tư nhân 1.000 tỷ đồng.
Theo hợp đồng hợp tác đầu tư với hai công ty tư nhân, Saigon Co.op được nhận tỷ lệ lợi nhuận cố định 7%/năm. Tuy nhiên, sau đó ông Diệp Dũng cũng tự ý ký thỏa thuận bổ sung điều chỉnh tỷ lệ lợi nhuận từ 7%/năm xuống còn 0%/năm, gây thiệt hại cho Saigon Co.op hơn 115 tỷ đồng (trong đó thiệt hại về thuế là gần 30 tỷ đồng).
Về việc xác minh người đại diện pháp luật của các công ty tham gia góp vốn vào Saigon Co.op năm 2016, Cơ quan An ninh điều tra xác định, 3.000 tỷ đồng mà 56 công ty tham gia góp vốn vào Saigon Co.op (huy động lần 1) có nguồn gốc từ các công ty tư nhân.
Công ty Bất động sản Sài Gòn Vina (1.000 tỷ đồng), Công ty Cổ phần Khu Du lịch Bắc Mỹ An (800 tỷ đồng), Công ty Thùy Dương Đức Bình (750 tỷ đồng), Công ty TNHH MTV Anh Anh Minh (150 tỷ đồng), Công ty TNHH MTV Phước Hùng Anh (150 tỷ đồng) và Công ty CP Đầu tư Phát triển Đô Thị Mới (150 tỷ đồng).
Hồi cuối năm 2022, Công ty Cổ phần Địa ốc Đại Á tự nguyện giao nộp 1,5 tỷ đồng đồng để khắc phục hậu quả cho bị can Tôn Thất Hào (theo Ủy nhiệm chi ngày 7/12/2022), Công ty Cổ phần Đầu tư Phát triển Đô Thị Mới tự nguyện giao nộp 3,5 tỷ đồng để khắc phục hậu quả cho bị can Võ Thành Trung (theo Ủy nhiệm chi ngày 7/12/2022).
Từ kết quả điều tra bổ sung và một số nội dung khác, cho rằng không ảnh hưởng đến việc giải quyết vụ án, nên Cơ quan An ninh điều tra tiếp tục chuyển hồ sơ sang Viện Kiểm sát Nhân dân thành phố, đề nghị truy tố bị can Diệp Dũng (đang thụ lý án 2 năm tù về tội chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước) và 8 đồng phạm (những bị can này từng giữ nhiều vị trí lãnh đạo tại Saigon Co.op) về tội lạm quyền trong khi thi hành công vụ và thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng
Cơ quan An ninh điều tra Công an TP HCM đã hoàn tất kết luận điều tra bổ sung (lần 3), chuyển hồ sơ sang Viện Kiểm sát Nhân dân cùng cấp đề nghị truy tố ông Diệp Dũng (sinh năm 1968, nguyên Chủ tịch Hội đồng Quản trị Liên hiệp HTX Thương mại TP. HCM - Saigon Co.op), Võ Thành Trung (nguyên Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Đầu tư phát triển Đô Thị Mới) và Tôn Thất Hào (nguyên Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần địa ốc Đại Á) về tội lạm quyền trong khi thi hành công vụ xảy ra tại Saigon Co.op.
Liên quan vụ án, các bị can Nguyễn Thành Nhân, Hồ Mỹ Hòa, Trần Trung Liệt, Hàng Thanh Dân, Nguyễn Thị Thùy Trang, Phạm Thị Minh Ngọc bị đề nghị truy tố tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
.
