Sau cuộc chiến tranh chống quân Nguyên Mông, việc giao thương với phương Bắc bị hạn chế, nhà Trần đã chuyển Vân Đồn thành nơi đồn trú với mục tiêu phòng thủ đất nước.
Năm 1400, nhà Trần suy vong. Hồ Quý Ly lên ngôi, lập ra triều Hồ, tồn tại được 7 năm, từ 1400 đến 1407. Đã từng nắm trong tay quyền lực khuynh loát thiên hạ khi làm quan trong triều đình nhà Trần, Hồ Quý Ly đã có những tư tưởng cải cách lớn. Lần đầu tiên trong lịch sử kinh tế nước nhà, tiền giấy đã được phát hành. Sau khi lên ngôi, Hồ Quý Ly tiếp tục đề ra nhiều kế sách mới. Tuy nhiên, do không thu phục được nhân tâm trong nước, nhà Hồ nhanh chóng bị tan rã trước sự đánh chiếm đô hộ của quân đội xâm lược nhà Minh. Câu nói của Hồ Nguyên Trừng, con cả của Hồ Quý Ly khi trả lời phụ thân: “Thần không sợ đánh giặc, mà chỉ sợ lòng dân không theo” mãi mãi là một bài học lịch sử. Sau khi vua Hồ Hán Thương bị quân Minh bắt sống mang về, đất nước ta lâm vào thời kỳ Bắc thuộc lần thứ 4, kéo dài tới 20 năm (1407-1427).
Năm 1428, Lê Lợi lãnh đạo cuộc khởi nghĩa Lam Sơn, tiến hành kháng chiến chống giặc Minh thắng lợi rồi lên làm vua, hiệu là Lê Thái Tổ, lập nên triều đại nhà Hậu Lê. Ban đầu, nhà Hậu Lê (gọi là thời Lê sơ) tồn tại vững chắc trong 100 năm (1428-1527), sau đó là thời Lê Trung hưng kéo dài 257 năm, tới năm 1789. Tuy kéo dài, nhưng các vị vua nhà Lê thời này đã mất thực quyền, chỉ tồn tại trên danh nghĩa. Thời kỳ đầu gọi là Nam Bắc triều, nhà Lê và nhà Mạc chia đôi Đại Việt. Tiếp đó, đất nước lại bị chia cắt bởi chúa Trịnh và chúa Nguyễn, gọi là thời Trịnh Nguyễn phân tranh.
Thời Lê sơ ghi nhận việc xuất hiện trung tâm thương mại Phố Hiến. Vua Lê Thánh Tông tiếp bước những cải cách canh tân thời nhà Trần, tiếp tục mở mang bờ cõi đất nước về phía Nam. Trong giai đoạn này cũng ghi nhận sự phát triển, trở nên sầm uất của thương cảng Hội An, trở thành nơi giao thương biển lớn nhất trong vùng Đông Nam Á và Nam Á.
Phố Hiến ở Hưng Yên ngày nay, là một thương cảng nằm trên sông Hồng, ở đoạn giữa biển Đông lên Kinh thành Thăng Long, cách Thăng Long 55 cây số đường sông. Phố Hiến lần đầu được định danh trong cuộc cải cách hành chính thời vua Lê Thánh Tông. Từ đó, Phố Hiến phát triển lớn mạnh lên nhanh như một địa điểm trung chuyển lớn nối Thăng Long qua các tuyến đường sông, đường ven biển với các thị trường phía nam và các nước phía Bắc là Nhật Bản, Trung Quốc, các nước vùng Đông Nam Á, rồi phương Tây như Bồ Đào Nha, Hà Lan, Anh, Pháp...
Thương nhân nước ngoài đến buôn bán kinh doanh ở Phố Hiến, ngoài người Trung Quốc và Nhật Bản, đã có thêm các thương nhân châu Á đến từ Xiêm La, Mã Lai, Lữ Tống (Philippines)... Thương nhân phương Tây, ngoài người Hà Lan và người Anh, còn có người Bồ Đào Nha và Pháp. Người Bồ Đào Nha là người phương Tây Phố Hiến sớm nhất. Đó là những thương nhân độc lập, không lập công ty, không đặt thương điếm. Thời kỳ này đã ghi nhận sự xuất hiện các cơ sở đại diện thương mại của các nước phương Tây ở Phố Hiến, đó là Thương điếm Hà Lan (1637) và Thương điếm Anh (1672). Đây là văn phòng đại diện và hệ thống nhà kho của các Công ty Đông Ấn của Hà Lan và Anh.
Phố Hiến ngày ấy đã trở thành một biểu tượng giao thương và phát triển ở Đàng Ngoài, kéo theo sự phát triển nhiều mặt cho cả vùng đồng bằng Bắc Bộ.
Công cuộc mở mang bờ cõi hướng về phía Nam
Năm 1460, Lê Thánh Tông lên ngôi sau nhiều rối ren chính sự, anh em nhà Lê tìm cách hãm hại nhau nhằm thoán đoạt ngôi báu. Lê Tự Thành (tên húy của vua Lê Thánh Tông) với nhiều phẩm chất hơn người, được nhiều vị tướng giỏi và quân sư tài trí cùng phò tá nên đã mở ra một thời kỳ đất nước vững mạnh kéo dài 38 năm trị vì.
Cuộc canh tân phát triển trong một thời gian dài của vua Lê Thánh Tông đã kết tinh nhiều thành quả, là đỉnh cao của nhà nước phong kiến “vua sáng tôi hiền”, xã hội ổn định, quy củ dưới bóng bộ luật Hồng Đức, văn hóa tỏa sáng Tao đàn “Nhị thập bát tú”, bờ cõi được mở mang về phía Nam…
Từ đầu thế kỷ 15, năm 1402, cương vực bờ cõi nước ta ở phía Nam đã được mở tới vùng đất Quảng Nam hiện nay. Năm 1471, sau hơn 10 năm giữ vững ngôi vua, đề ra nhiều chính sách ổn định triều chính và đất nước, Lê Thánh Tông đã thân chinh dẫn đầu đội quân của Đại Việt tiến đánh Chăm Pa, thu phục một vùng đất kéo dài ven biển đến sau Đèo Cả. Đánh thắng trận xong, Lê Thánh Tông cho nhập vùng đất từ đèo Cù Mông trở ra vào lãnh thổ Đại Việt, nay là vùng Bình Định và Quảng Ngãi.
Từ năm 1570, Chúa Tiên Nguyễn Hoàng là trấn thủ vùng Thuận Hóa và Quảng Nam. Năm 1578 ông sai tướng Lương Văn Chánh tấn công vào thành Hồ, thủ phủ của Chăm Pa tại vùng Ayaru. Thành Hồ thất thủ, từ đó vùng đất Ayaru là nơi tranh chấp thường xuyên giữa người Việt và người Chăm. Chúa Nguyễn Hoàng đã chiêu tập và đưa lưu dân từ các vùng Thanh - Nghệ, Thuận - Quảng vào đây để khẩn hoang lập ấp, tạo dựng cơ nghiệp.
Năm 1611, Nguyễn Hoàng sai viên tướng gốc Chăm là Văn Phong tấn công vào Aryaru. Cuộc tấn công thắng lợi, Nguyễn Hoàng đã cho sát nhập vùng đất Ayaru vào lãnh thổ Đàng Trong và giao cho Văn Phong cai quản. Vùng đất này là Phú Yên ngày nay.
Năm 1613, Chúa Tiên Nguyễn Hoàng đã 89 tuổi, lại lâm bệnh nặng, biết mình không qua khỏi, trước khi mất, Chúa cho gọi người con thứ sáu của mình là Nguyễn Phúc Nguyên đang cai quản Quảng Nam về kế vị ngôi Chúa và căn dặn con trai tiếp tục sự nghiệp mở mang bờ cõi.
Chúa Nguyễn Hoàng nói với Nguyễn Phúc Nguyên: “Nếu Bắc tiến được thì tốt nhất, bằng không thì phải giữ vững vùng đất Thuận Quảng và mở mang bờ cõi về phía Nam”.
Nguyễn Phúc Nguyên và nhiều thế hệ sau đó đã tiếp tục phát triển mở mang bờ cõi cho đến gần cuối thế kỷ 19 (1887) thì hoàn chỉnh đất nước ta như ngày nay.
Thương cảng Hội An thành trung tâm giao thương biển Đông Nam Á
Sau khi hình thành Phố Hiến vào giữa thế kỷ 16, đến lượt Hội An ra đời vào khoảng nửa cuối thế kỷ này, dưới sự trị vì của triều đình nhà Lê.
Sau đó, vào thời Trịnh Nguyễn phân tranh, Nguyễn Hoàng cai quản phía Nam, cùng với con trai là Nguyễn Phúc Nguyên, đã xây dựng thành lũy, ra sức phát triển kinh tế Đàng Trong, mở rộng giao thương buôn bán với nước ngoài. Chúa Nguyễn Hoàng đã cho thực thi hàng loạt các chính sách tích cực, xây dựng và củng cố uy lực của mình, như khuyến khích khai hoang, trọng dụng người tài, xây dựng lực lượng quân đội hùng hậu… Đến thời các chúa Nguyễn kế nghiệp sau đó, ở Đàng Trong là thời kỳ phát triển mạnh mẽ của nền công nghiệp hàng hải mậu dịch quốc tế, là thời đại hoàng kim của hệ thống thương mại Đông Á.
Hội An vốn là một cảng biển của vương quốc Chăm pa, từng là một điểm trên cung đường tơ lụa xuyên biển châu Á, đến thời điểm này càng được chú trọng phát triển, trở thành thương cảng quốc tế sầm uất bậc nhất khu vực Đông Nam Á. Thuyền buôn lớn của các nước Nhật Bản, Trung Hoa, các nước châu Á và các thuyền buôn từ các nước phương Tây đã tấp nập cập bến thương cảng này…
Trên những vùng đất do chúa Nguyễn cai quản, có những khu phố nước ngoài hình thành dựa trên một số luật lệ nhằm bảo hộ cho các hoạt động thương mại của người ngoại quốc. Khoảng năm 1617, phố Nhật Bản ở Hội An được hình thành và phát triển cực thịnh trong đầu thế kỷ 17.
Sau khi nhà Minh bị tan rã vì sự kiện “Loạn Thanh Minh” bên Trung Hoa, rất nhiều người Hoa đã di cư theo đường biển tới miền Trung của Việt Nam. Họ ở lại đây sinh sống, làm ăn, buôn bán và xây dựng nên các cộng đồng Minh Hương Xã. Tại Hội An, người Hoa, phần lớn là người Phúc Kiến, di cư tới cũng ngày càng nhiều và cạnh tranh với người Nhật về buôn bán. Cảng Hội An tràn ngập hàng hóa, nhiều nhất hàng ngoại quốc. Khu phố dọc bờ sông, được gọi khu Đại Đường, kéo dài liền mấy dặm. Nhiều người Hoa tới định cư để buôn bán đã kết hôn với những phụ nữ Việt tại đây. Nhiều người Hoa nhập quốc tịch Việt Nam và yên tâm sinh sống lâu dài ở quê hương mới.
Với khát vọng biến thương cảng Hội An trở thành một trung tâm giao thương biển quốc tế và đã hiện thực hóa được khát vọng này, Hội An đã phát triển rực rỡ về mọi mặt, từ kiến trúc, văn hóa, nghệ thuật. Hội An ở bên cửa sông, ở ngay bên bờ biển Đông, có một đời sống sôi động, một vẻ đẹp quyến rũ, đã là một biểu tượng đẹp đẽ cho xứ Đàng Trong của nước Việt, kéo dài mấy thế kỷ. Sau nhiều thăng trầm, cho dù sau này đã bị mất đi vai trò đầu mối giao thương biển quốc tế, nhưng may mắn, Hội An vẫn được bảo tồn, để ngày nay chúng ta có một xứ phố cổ đẹp đến mức kỳ thú, là một điểm hấp dẫn mời gọi du khách trong nước và quốc tế tìm đến.