Nhằm thực hiện hiệu quả công tác thanh tra, kiểm tra thuế trong bối cảnh yêu cầu đảm bảo thực hiện “mục tiêu kép” vừa phòng chống đại dịch Covid-19, vừa phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội trong trạng thái bình thường mới, từ năm 2020, Tổng cục Thuế đã chỉ đạo cơ quan thuế các cấp tăng cường thực hiện kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế. Đối với việc thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT, thực hiện phân tích rủi ro, tập trung vào các lĩnh vực, ngành nghề có rủi ro cao, đẩy mạnh chống chuyển giá, trốn thuế.
Đồng thời tiếp tục triển khai hiện đại hóa công tác thanh tra, kiểm tra thuế; nâng cao năng lực cán bộ thanh tra, kiểm tra thuế nhằm tiếp tục nâng cao chất lượng, hiệu quả công tác thanh tra, kiểm tra.
Triển khai nhiệm vụ công tác thanh tra, kiểm tra năm 2021, Tổng cục Thuế đã ban hành Quyết định số 2270/QĐ-TCT ngày 30/12/2020 giao nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra DN cho các Cục Thuế; Quyết định số 2271/QĐ-TCT ngày 30/12/2020 về phê duyệt kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế tại DN năm 2021, yêu cầu các Cục Thuế phấn đấu thực hiện thanh tra, kiểm tra tại DN đạt tỷ lệ tối thiểu 19,5% số DN đang hoạt động, nhằm tăng cường công tác chống thất thu ngân sách.
Căn cứ chỉ đạo, Cục Thuế triển khai, giao nhiệm vụ cho các phòng thanh tra- kiểm tra, các Chi cục Thuế phân tích dữ liệu, lựa chọn NNT có rủi ro cao đưa vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra. Phù hợp với tình hình diễn biến phức tạp của dịch Covid và vẫn đảm bảo công tác thanh tra, kiểm tra chống thất thu, Tổng cục Thuế đã ban hành Công văn số 609/TCT-TTKT ngày 11/3/2021 yêu cầu các Cục Thuế tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra thuế năm 2021.
Chỉ đạo nghiêm túc thực hiện Quy chế giám sát hoạt động của Đoàn thanh tra, kiểm tra thuế tại cơ quan Thuế các cấp nhằm tăng cường công tác giám sát hoạt động của Đoàn thanh tra, kiểm tra thuế; Tập trung rà soát, chấn chỉnh, cập nhật dữ liệu tại Ứng dụng hỗ trợ thanh tra, kiểm tra TTR. Qua đó, phòng ngừa, phát hiện, ngăn chặn, chấn chỉnh kịp thời các tồn tại, hạn chế tiêu cực có thể xảy ra trong quá trình thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT, nâng cao chất lượng công tác thanh tra, kiểm tra.
Đối với công tác thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT, Tổng cục Thuế có nhiều văn bản chỉ đạo Cục Thuế thực hiện việc thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế GTGT theo đúng yêu cầu tại Nghị Quyết số 19/2017/NQ-CP ngày 6/2/2017 của Chính Phủ, Quyết định số 328/QĐ-BTC ngày 20/2/2017 của Bộ Tài chính hướng dẫn Cục Thuế các tỉnh, thành phố biện pháp nghiệp vụ khi thực hiện thanh tra kiểm tra hoàn thuế GTGT đối với các DN có rủi ro cao; Chỉ đạo Cục Thuế tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT theo chuyên đề đối với mặt hàng dăm gỗ, linh kiện điện tử, máy tính, mặt hàng cao su, sắn lát, nông sản...; Ban hành nhiều văn bản chỉ đạo các Cục Thuế về việc tăng cường các giải pháp của cơ quan Thuế để ngăn chặn, phát hiện, xử lý hành vi vi phạm về quản lý, sử dụng hóa đơn.
Kết quả: Tính đến tháng 06 năm 2021, toàn ngành Thuế thực hiện được 32.209 cuộc thanh tra, kiểm tra, bằng 110% so với cùng kỳ năm 2020. Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế được 323.206 hồ sơ khai thuế, bằng 114,93% so với cùng kỳ năm 2020.
Tổng số tiền kiến nghị xử lý qua thanh tra, kiểm tra là 22.963 tỷ đồng, trong đó: số thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra là 4.935 tỷ đồng, giảm khấu trừ là 828 tỷ đồng, giảm lỗ là 17.200 tỷ đồng.
Một số cuộc thanh tra có số thu lớn như: Công ty TNHH MTV quản lý và phát triển nhà Hà Nội, truy thu 112,8 tỷ đồng; Công ty cổ phần chăn nuôi C.P Việt Nam, truy thu 138 tỷ đồng; hoặc điều chỉnh giảm lỗ như: Công ty TNHH Hòa Bình, truy thu 5,14 tỷ đồng, giảm lỗ 240 tỷ đồng; Công ty cổ phần Lilama 3, giảm lỗ 168 tỷ đồng; ...
Về kết quả thanh tra: số DN được thanh tra là 1.670 DN bằng 106,1% so với cùng kỳ năm 2020. Tổng số tiền kiến nghị xử lý qua Thanh tra là 5.603 tỷ đồng gồm: truy thu, truy hoàn, phạt là 1.528 tỷ đồng; giảm khấu trừ 159 tỷ đồng; giảm lỗ là 3.917 tỷ đồng;
Về kết quả kiểm tra: số doanh nghiệp được kiểm tra là 30.539 DN bằng 110,23% so với cùng kỳ năm 2020. Tổng số tiền kiến nghị xử lý qua kiểm tra là 16.761 gồm: truy thu, truy hoàn, phạt là 3.252 tỷ đồng ; giảm khấu trừ là 576 tỷ đồng; giảm lỗ 12.933 tỷ đồng;
Tổng cục Thuế cũng kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở Cơ quan Thuế: Kiểm tra được 323.206 hồ sơ khai thuế tại trụ sở Cơ quan thuế, bằng 114,93% so với cùng kỳ năm 2020; Tổng số tiền kiến nghị xử lý qua kiểm tra là 599 tỷ đồng gồm: Xử lý điều chỉnh thu vào ngân sách 155 tỷ đồng; giảm khấu trừ là 94 tỷ đồng; giảm lỗ 350 tỷ đồng.
Đối với thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế GTGT, 6 tháng thực hiện được 2.136 cuộc, tổng số tiền hoàn là 18.225 tỷ đồng (trong đó, số quyết định ban hành trong năm 2021 là 195 quyết định, với tổng số tiền hoàn là 2.119 tỷ đồng; số quyết định ban hành trước năm 2021 là 1.941 quyết định, tổng số tiền hoàn là 16.106 tỷ đồng). Tổng số thuế truy hoàn và phạt là 482 tỷ đồng.
Tổng cục thuế cũng cho biết thêm: Thanh tra, kiểm tra chống chuyển giá, trong những tháng đầu năm, toàn ngành đã thanh tra, kiểm tra được 90 DN có hoạt động giao dịch liên kết, tổng số tiền kiến nghị xử lý qua thanh tra, kiểm tra đạt trên 1.901 tỷ đồng. Trong đó thanh tra, kiểm tra xác định lại giá thị trường đối với giao dịch liên kết, đã kiến nghị xử lý 1.519 tỷ đồng.